苏州市第三中学(南校区）位于江苏省苏州市平江区临顿路谢衙前14号。苏州市第三中学的前身是晏成中学与慧灵女中两所教会学校。1906年（光绪三十二年），美国南浸信会西差会创办浸会小学，创办人为麦嘉祺先生，1909年（宣统元年）迁址临顿路谢衙前，增设中学部，1913年，改名为晏成中学。1907年（光绪三十三年）美国南浸信会西差会创办慧灵小学，创办人为兰纱裴女士，1911年（宣统三年）迁址临顿路谢衙前，改名为慧灵女中。民国初年，梁启超、蔡元培、章太炎等名人曾到学校讲学；孙中山先生于1919年为晏成中学题写“其道大光”的匾额；在中西文化融合中，学校一度形成自己的办学特色，尤以外语与体育见长。1936年，程金冠代表中国参加柏林奥运会。但是，由于国民时期，战争频繁，社会动荡，两校几经变迁，教育教学不免受到影响。1953年1月，人民政府接办为公校，遂定名为“苏州市第三中学校”。1960年，学校被中共江苏省委命名为江苏省重点中学，并被确定为“五年一贯制”试点学校。
20世纪90年代，学校深化教育改革，实现了跨越式的发展。1996年，苏州市第三中学与市三十九中合并办学；同年，经市政府批准，创建了苏州市第一所国有民办公助性质的全日制中学——平江中学。1998年，苏州市第三中学正式恢复“江苏省重点中学”称号。2000年，平江中学与母体苏州市第三中学分离，迁址西北街，并租赁光明丝织厂的部分厂房作为校舍。2003年，苏州市第三中学与市二十一中合并办学，探索集团化办学的新模式，合并后的二十一中校区作为平江中学的一个分部。2004年，平江中学及其分部（原二十一中）两校区一起迁址学士街389号，形成“一校三区”的办学格局。同年，苏州市第三中学高中部通过了江苏省四星级高中评估组专家的验收，晋升为江苏省四星级高中。2006年，苏州市第三中学又与市一初中合并办学，并将苏州市第三中学初中部（原三十九中校区）迁至原市一初中校区，作为苏州市第三中学的初中部，增设平江中学二部。2007年，苏州市第三中学又与通才中学实行紧密型合作办学。
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